Niccolò Manzolini nasce a Milano nel 1979.
Nel 2000 è autore di Sonic Death My Nigger Soul, presentazione video della personale di Bartolomeo Migliore a Milano.
Dal 2002 collabora regolarmente con la Cineteca di Bologna, per conto della quale realizza documentari (tra gli altri Quando Bologna aveva un porto, Fotografi d'ardimento e Due o tre cose che so di Renzi) Nel 2003 è uscito il suo primo corto documentario, Cigarini.
Nel 2004 firma la coregia del lungometraggio di Chiara Idrusa Scrimieri,Sotta mare e sotta ientu, realizzato in collaborazione con la Provincia di Lecce, Ipotesicinema sui bambini del centro storico di Gallipoli.
Nello stesso anno è stato co-autore del film collettivo Osolemio-Autoritratto Italiano, prodotto da IpotesiCinema, commissionato da RAI e presentato fuori concorso alla 61ª edizione della Mostra Internazionale d'Arte Cinematografica di Venezia.
Nel Maggio 2006 è stato coordinatore e di un workshop audio-visivo con i detenuti della Casa Circondariale Dozza di Bologna.
Alla mia cara, prodotto da Seiperduenonfadodici Produzione, è il primo cortometraggio di finzione interamente scritto e diretto da Niccolò Manzolini.
Regia tecnica sul documentario di creazione L’idea del Mare di Marco Nereo Rotelli, con Fernanda Pivano. presentato alla settimana della cultura di New York. Direttore di produzione sul documentario Terra di un uomo, con Mario Rigoni Stern.
Attualmente è impegnato nella preproduzione di un nuovo documentario-animazione, in coregia con Lucia Principe, sull’immigrazione italiana a Marsiglia all’inizio del secolo, Souvenir d’Italien (t.p.)